В історії кафедри ботаніки та захисту рослин можна виділити три основні етапи. Одночасно з відкриттям Херсонського земського сільськогосподарського училища була заснована кафедра ботаніки. У середині 20 ст. у зв’язку з інтенсифікацією технологій вирощування сільськогосподарських культур, збільшенням негативного впливу шкідливих організмів на посіви виникла нагальна потреба організації кафедри захисту рослин. У 1998 р. в результаті об’єднання цих кафедр була створена кафедра ботаніки та захисту рослин.

Кафедра ботаніки заснована в 1874 році.

Тархов К.І., який закінчив Петровську землеробську і лісову академію зі ступенем кандидата, у Херсонському земському сільськогосподарському училищі викладав ботаніку та організував дослідне поле. У 1889 р. на губернських земських зборах була затверджена його доповідь “Значення дослідних полів та проект організації дослідного поля при Херсонському земському сільськогосподарському училищі”.

У звіті за 1892 р. про стан сільськогосподарського училища він писав: “Курс ботаніки пройдено згідно програми: у першому класі “Морфологія та анатомія рослин”, у другому класі – “Систематика рослин”, у третьому – “Фізіологія рослин”. Під керівництвом Тархова К.І. зібраний гербарій, який використовувався при проведенні занять.

Викладач ботаніки та хімії Бурзі Е.Х. склав список рослин, поширених на прилеглій до училища території.

Пачоський Й.К. – професор, видатний вчений-ботанік, ентомолог, працював губернським ентомологом, очолював Природничо-історичний музей Херсонського губернського земства (нині – Херсонський обласний краєзнавчий музей). На кафедрі викладав дисципліну “Ботаніка”. Автор праць “Опис рослинності Херсонської губернії”, “Морфологія рослин”, “Основи фітосоціології” та ін. Дослідження бур’янисто-польової рослинності, проведені Пачоським Й.К., мали важливе теоретичне і практичне значення для розробки агротехнічного методу боротьби зі шкідливими організмами.

Воцелка Г.Ф. завідував кафедрою в довоєнні роки, з 1929 по 1941 рр., вивчав бур’янисто-польову рослинність півдня України.

Євстіфеєв П.Г. очолював кафедру в післявоєнні роки, з 1945 по 1952 рр.

Тихоміров Ф.К. – доктор с.-г. наук, професор, завідувач кафедри з 1952 по 1959 рр., автор підручника з ботаніки, науковий керівник досліджень з вивчення рослинності Причорномор’я.

З 1959 по 1963 рр. кафедрою ботаніки керувала кандидат біологічних наук, доцент Перська А.Д., яка зробила вагомий внесок в оновлення, систематизацію гербарних зразків та створення стендів кафедри.

Гуляєв Є.І. – кандидат с.-г. наук, доцент, завідувач кафедри з 1963 по 1984 рр., декан агрономічного факультету з 1973 по 1989 рр. Під його керівництвом співробітники кафедри проводили фітоценологічні дослідження, приділялась велика увага вивченню кормових культур та їх сумішей, захищено 3 кандидатські дисертації.

У цей період на кафедрі працювали Красновська І.Ф., Пятаченко В.П., Білоус Н.В., Беньковська Л.О., Рафальська Н.В., Задніпряна Н.І., які  підготували наочні матеріали для проведення лабораторних занять.

З 1980 р. під керівництвом доцента Ронсаль Г.А., який викладав дисципліну “Фізіологія рослин”, на кафедрі проводились наукові дослідження з вивчення добрив у зрошуваній сівозміні.

Метляєва В.К. – кандидат с.-г. наук, доцент, працювала на кафедрі більше 30 років, у 1984-1989 рр. була завідувачем кафедри. Захистила кандидатську дисертацію на тему “Змішані посіви мальви з кукурудзою та сорго в умовах південного Степу України на зрошенні”.

Ярних Л.Ф. – кандидат с.-г. наук, доцент, очолювала кафедру з 1989 по 1994 рр. Захистила кандидатську дисертацію на тему “Продуктивність ранньої картоплі на зрошуваних землях півдня України залежно від добрив”.

Федорчук М.І. – доктор с.-г. наук, професор, завідувач кафедри з 1994 по 2014 рр. Захистив дисертацію на здобуття наукового ступеня доктора с.-г. наук на тему “Теоретичне і практичне обґрунтування технології вирощування шавлії лікарської в умовах зрошення на півдні України”.

Кафедра захисту рослин заснована в 1952 році.

Чугунін Я.В. – доктор с.-г. наук, професор, ентомолог, завідувач кафедри захисту рослин з 1952 по 1980 рр. Захистив докторську дисертацію на тему “Роль садових довгоносиків у періодичності плодоношення яблуні”. Під його керівництвом захищено 10 кандидатських дисертацій. Основні напрями наукових досліджень: захист плодових насаджень від шкідливих організмів, масове розмноження комах, прогноз зміни чисельності шкідливої ентомофауни, біологічний метод захисту рослин, фенологічні календарі, методи обліку шкідливих організмів.

Юганова О.М. – кандидат с.-г. наук, доцент кафедри, фітопатолог. Під її керівництвом захищено 2 кандидатські дисертації. Напрями наукових досліджень: біологія, фенологія, динаміка розвитку хвороб плодових культур (парша яблуні, моніліоз, клястероспоріоз кісточкових та ін.), захист плодових насаджень від хвороб, дослідження особливостей застосування фунгіцидів.

Рафальський А.К. – кандидат с.-г. наук, доцент, ентомолог, завідувач кафедри з 1980 по 1998 рр. Захистив кандидатську дисертацію на тему “Бобова вогнівка на півдні України та заходи боротьби з нею”. Напрям наукових досліджень: система захисту плодових насаджень від комплексу шкідливих організмів.

На кафедрі працювали доктор с.-г. наук, професор Морозов В.Ф., кандидати біол. наук, доценти Лохоня Р.М., Євтушенко Р.Л., кандидати с.-г. наук, доценти Добровольська Є.О., Мальцев І.В., Касаткін Ю.О., Овчіннікова Г.П., Клименко М.І., Петрова К.В., Ширенко Б.К., старші викладачі Макуха Н.А., Костін М.І., Макушенко Є.В., Сорочан А.І.

У 1998 р. була створена кафедра ботаніки та захисту рослин, яку до 2014 р. очолював доктор с.-г. наук, професор Федорчук М.І. На кафедрі працювали кандидат с.-г. наук, доцент Золотарьова Л.П., старший викладач Черненко В.Г. З 2014 по 2016 рр. обов’язки завідувача кафедри виконувала кандидат с.-г. наук, доцент Бойко Н.В.

Коковіхін С.В. – доктор с.-г. наук, професор, завідувач кафедри з 2016 по 2017 рр. Захистив дисертацію на здобуття наукового ступеня доктора с.-г. наук на тему “Теоретичні основи та агроекологічне обґрунтування заходів оптимізації продукційних процесів рослин у зрошуваних агрофітоценозах Південного Степу України”.

Марковська О.Є. – доктор с.-г. наук, професор, в.о. завідувача кафедри ботаніки та захисту рослин з 2017 р.

У 2017 р. відкрита спеціальність 202 “Захист і карантин рослин”, проведено перший набір студентів за освітнім рівнем бакалавр.