Кафедра заснована в 2001 році (наказ № 67 від 03 грудня 2001 року). 
Враховуючи нагальну потребу щодо підготовки фахівців у сфері охорони навколишнього середовища для Південного регіону відповідно рішення вченої ради університету була створена кафедра екології. Засновником і першим завідувачем кафедри був доцент кафедри рибництва, кандидат біологічних наук Пилипенко Юрій Володимирович.

Призначення кафедри: підготовка фахівців за ОКР «бакалавр» та «магістр» із спеціальності «Екологія та охорона навколишнього середовища», яка на теперішній час трансформована у «Екологія, охорона навколишнього середовища та збалансоване природокористування».

Завідувач кафедри (2001-2017 рр.) – Пилипенко Юрій Володимирович (роки життя 28.10.1958р. – 23.09.2017р.)– доктор сільськогосподарських наук, професор, автор 280 наукових і науково-методичних праць, у тому числі 2 підручників, 9 навчальних посібників, 4 науково-виробничих видань в галузі водних біоресурсів та гідроекології, очолював кафедру з 2001 до 2017 року.

Профіль Google Scholar: Юрій Пилипенко

Ідентифікатор автора Scopus: 23493613600

На кафедрі в різні роки працювали:

З 2003 р. по 2005 р. доктор сільськогосподарських наук, професор Жарінов В.І., який викладав предмети Агроекологія та Основи загальної екології. 
З 2002 р. по 2008 роки кандидат с.-г. наук, доцент Малєєв В.О., який викладав дисципліни Ландшафтна екологія, Урбоекологія, Основи екології, Економіка природокористування, Геоекологічний ризик, Екобезпека територій та акваторій. 
З 2004 р. по 2008 р. кандидат с.-г. наук Козій М.С. викладав наступні дисципліни: Екологія людини, Соціальна екологія, Техноекологія. 
З 2004 р. по 2006 р. кандидат с.-г. наук, доцент Керімов А.Н. викладав дисципліни Утилізація та рекуперація відходів, Основи екології. 
В період з 2005 по 2008 роки на кафедрі працювали асистентами Савченко В.А., Пентилюк Р.С., за сумісництвом: доценти Сафонова О.П., Пилипенко І.О., Семенюк С.К., Майдебура О.П.; асистенти Кнорр В.А., Бабенко О.В., Кіріяк С.Г.